Studijní specializace Biofyzikální chemie (BFCH), zařazená pod program Chemie, je interdisciplinární forma studia, která je zaměřena na všeobecnou přípravu absolventů, opírající se o základy chemických, fyzikálních a biologických disciplín. Tato specializace pomáhá rozvíjet fyzikálně chemický přístup k biologickým vědám a vnášet určitý řád do velkého množství poznatků o živých soustavách. Biofyzikální chemie je zaměřena především na experimentální a teoretické studium biologických makromolekul a biologických systémů. Propojení metod a principů biologie, fyziky a chemie umožňuje lépe pochopit strukturu a funkci biomakromolekul. Specializace dále využívá techniky strukturní biologie, chemické biologie, výpočetní a lékařské chemie, proteinového inženýrství, bioinformatiky a biofyzikálních metod a umožňuje získání hlubokých teoretických a praktických znalostí předmětů přírodních věd. Je určena těm studentům, kteří mají zájem o poznání fyzikálně-chemických zákonitostí přírodních jevů a objasnění jejich podstaty. Absolvent této studijní specializace získá přehled o základních fyzikálně-chemických metodikách a technikách, o základech bioanalýzy, biotechnologie, nanotechnologie, klinické a analytické biochemie a biofyziky. Ve všech těchto oblastech má absolvent předkládané studijní specializace velkou šanci uplatnění. Moderní vědecký výzkum specializace Biofyzikální chemie je zaměřen na oblasti molekulární biofyziky a strukturní biologie v rámci mezinárodních projektů.